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¿Cómo es que Nuestra Microbiota ha Evolucionado con Nosotros?

La microbiota intestinal, ese vasto y complejo ecosistema de microorganismos que habita en nuestro tracto gastrointestinal, no ha sido siempre el mismo. A lo largo de la evolución humana y en distintos momentos históricos, la composición de nuestra microbiota ha cambiado, influenciada por factores como la dieta y el entorno.

Pero, ¿qué cambios ha atravesado? ¿Y por qué es esencial conocerlos? Descubre más sobre este fascinante tema que mezcla biología, evolución e historia en el siguiente blog.

Lo que sabemos sobre los orígenes del ser humano y su microbiota

Nuestra especie, el Homo sapiens, es la última en un extenso linaje evolutivo que comenzó hace millones de años en África. Este linaje incluye varias especies de homínidos, como el Australopithecus, uno de los primeros en caminar erguido; el Homo habilis, conocido por su capacidad para fabricar herramientas; el Homo erectus, que logró dispersarse fuera de África; y el Homo neanderthalensis, con quienes los humanos modernos coexistieron y compartieron genes.

Aunque es difícil precisar la composición exacta de la microbiota de cada homínido debido a la falta de muestras y la complejidad de estas comunidades microbianas, ciertas técnicas como el análisis de coprolitos, o “heces ancestrales”, han revelado similitudes entre los microbiomas de humanos antiguos y los de poblaciones contemporáneas no industrializadas [1][2].
Otro método interesante es el análisis de restos de ADN conservados. Por ejemplo, el ADN extraído de cálculos dentales de neandertales ha mostrado diferencias relacionadas con sus hábitos alimenticios. Los neandertales que consumían carne tenían microbiotas orales similares a las de cazadores-recolectores modernos, mientras que aquellos que no consumían carne presentaban microbiotas orales más parecidas a las de los chimpancés [3].

De la caza a la agricultura

La Revolución Neolítica, el cambio de un estilo de vida de caza a la agricultura, ha sido uno de los cambios más grandes en la microbiota humana, siendo una de las consecuencias más importantes la reducción en la diversidad microbiana. Poblaciones de cazadores y recolectores como los Hadza de Tanzania, disponen de una microbiota diversa, con variaciones por temporadas en taxas microbianas y uso de carbohidratos, esto comparado con sociedades agricultoras [4][5]. 
Otro estudio que analizó los cálculos dentales de poblaciones desde el neolítico a la era del cobre encontró una desviación de la composición microbiana respecto a los cazadores recolectores, lo cual se acentuó aún más en las últimas etapas del neolítico. Ciertos géneros bacterianos fueron reemplazados por otros, incluso desapareciendo de la microbiota oral de dichas poblaciones [6]. Una microbiota menos diversa suele asociarse con mayores problemas a la salud, y existe la hipótesis de que algunos de los taxones microbianos perdidos por la transición hacia la agricultura podrían haber sido protectores frente a tales condiciones [7].

La era de la industrialización

Aunque desde el surgimiento de la agricultura ha habido múltiples cambios sociales, económicos y culturales, ninguno ha impactado tanto en la microbiota como la industrialización a finales del siglo XVIII. Este movimiento, originado en Gran Bretaña, marcó la transición de una economía agrícola a sociedades industrializadas basadas en el uso de nuevas tecnologías y maquinaria. Estos cambios también se reflejaron en modificaciones en el estilo de vida, especialmente en la alimentación.

La evidencia sugiere que las sociedades altamente industrializadas poseen una microbiota intestinal considerablemente menos diversa en comparación con áreas rurales o menos industrializadas [8]. Una de las principales razones es el cambio en la dieta, que pasó de ser rica en fibras y carbohidratos accesibles para la microbiota (MACs) en sociedades agrícolas, a dietas occidentales que carecen de estos componentes [9].
Además, la industrialización ha estado vinculada con un aumento en los genes de resistencia a los antibióticos dentro de la microbiota intestinal. Este fenómeno se debe, en gran parte, a la masificación del uso de antibióticos tanto en la medicina como en la agricultura [10]. Investigaciones han mostrado que los microorganismos en sociedades industrializadas intercambian genes de resistencia a antibióticos a un ritmo mayor, lo que es preocupante ante el surgimiento de superbacterias. Todo esto altera la composición de la microbiota, haciéndola menos resiliente y más susceptible a la disbiosis [11].

Manteniendo una microbiota diversa en un mundo industrializado

Producto de la baja diversidad microbiana y preponderancia a disbiosis, y la profunda conexión entre la microbiota y la salud, la microbiota humana de sociedades altamente industrializadas está relacionada a un aumento en el riesgo de enfermedades crónicas. Sin embargo, hay ciertas acciones que podemos realizar en nuestro día a día que pueden ayudar a recuperar y mantener una microbiota saludable. 

En primer lugar, es fundamental mantener una dieta variada y rica en fibra, lo que incluye el consumo de frutas, verduras, granos enteros, legumbres, frutos secos y semillas. La fibra es clave para nutrir a las bacterias beneficiosas en nuestro tracto digestivo. Al mismo tiempo, es importante evitar el uso innecesario de antibióticos, ya que estos eliminan tanto las bacterias dañinas como las beneficiosas. Finalmente, se recomienda un consumo moderado y controlado de probióticos y prebióticos como los entregados por Bifidice, para enriquecer y fortalecer la microbiota intestinal.

Con estas medidas, es posible promover una microbiota intestinal robusta, incluso en un mundo industrializado.

Referencias

[1] Amato, K. R., & Carmody, R. N. (2023). Gut microbial intersections with human ecology and evolution. Annual Review of Anthropology, 52, 295-311. https://doi.org/10.1146/annurev-anthro-052721-085122 

[2] Schnorr, S. L., Sankaranarayanan, K., Lewis, C. M., Jr., & Warinner, C. (2016). Insights into human evolution from ancient and contemporary microbiome studies. Current Opinion in Genetics & Development, 41, 14-26. https://doi.org/10.1016/j.gde.2016.07.003 

[3] Davenport, E. R., Sanders, J. G., Song, S. J., Amato, K. R., Clark, A. G., & Knight, R. (2017). The human microbiome in evolution. BMC Biology, 15(1), 127. https://doi.org/10.1186/s12915-017-0454-7

[4] Fragiadakis, G. K., Smits, S. A., Sonnenburg, E. D., Van Treuren, W., Reid, G., Knight, R., Manjurano, A., Changalucha, J., Dominguez-Bello, M. G., Leach, J., & Sonnenburg, J. L. (2019). Links between environment, diet, and the hunter-gatherer microbiome. Gut Microbes, 10(2), 216-227. https://doi.org/10.1080/19490976.2018.1494103

[5] Rosas-Plaza, S., Hernández-Terán, A., Navarro-Díaz, M., Escalante, A. E., Morales-Espinosa, R., & Cerritos, R. (2022). Human gut microbiome across different lifestyles: From hunter-gatherers to urban populations. Frontiers in Microbiology, 13, 843170. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.843170

[6] Quagliariello, A., Modi, A., Innocenti, G., Zaro, V., Conati Barbaro, C., Ronchitelli, A., Boschin, F., Cavazzuti, C., Dellù, E., Radina, F., Sperduti, A., Bondioli, L., Ricci, S., Lognoli, M., Belcastro, M. G., Mariotti, V., Caramelli, D., Mariotti Lippi, M., Cristiani, E., Martino, M. E., Muntoni, I. M., & Lari, M. (2022). Ancient oral microbiomes support gradual Neolithic dietary shifts towards agriculture. Nature Communications, 13(1), 6927. https://doi.org/10.1038/s41467-022-34416-0 

[7] Romano, N. (2022). The agricultural revolution tracked through oral microbiome study. Nature. https://doi.org/10.1038/d43978-022-00165-3

[8] Lokmer, A., Aflalo, S., Amougou, N., Lafosse, S., Froment, A., Ekwin Tabe, F., Poyet, M., Groussin, M., Said-Mohamed, R., & Ségurel, L. (2020). Response of the human gut and saliva microbiome to urbanization in Cameroon. Scientific Reports, 10(1), 2856. https://doi.org/10.1038/s41598-020-59849-9

[9] Broussard, J. L., & Devkota, S. (2016). The changing microbial landscape of Western society: Diet, dwellings and discordance. Molecular Metabolism, 5(9), 737-742. https://doi.org/10.1016/j.molmet.2016.07.007

[10] Nurkolis, F., Mayulu, N., Yasmine, N., Puspaningtyas, D. S., & Taslim, N. A. (2022). Human activities and changes in the gut microbiome: A perspective. Human Nutrition & Metabolism, 30, 200165. https://doi.org/10.1016/j.hnm.2022.200165

[11] Morandini, F., Perez, K., Brot, L., Seck, S. M., Tibère, L., Grill, J.-P., Macia, E., & Seksik, P. (2023). Urbanization associates with restricted gut microbiome diversity and delayed maturation in infants. iScience, 26(11), 108136. https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.108136